C'est en 1964, à l'initiative de Louise Weiss, présidente de la "Société des Amis de Conflans", qu'est née l'idée de créer un musée de la Batellerie. L'illustre journaliste et écrivaine consulte alors Georges-Henri Rivière, conservateur du musée des Arts et Traditions Populaires de Paris. Ce dernier confie l'élaboration du programme muséographique à l'un de ses élèves, François Beaudouin, jeune ethnologue alors connu pour ses travaux scientifiques sur les bateaux maritimes, mais également historien et diplômé de l'École Pratique des Hautes Études. Le projet consiste à rendre compte des divers aspects de la vie batelière, du rôle économique de la navigation intérieure et des principes de l'architecture fluviale.

Le musée municipal, installé dans le château du Prieuré, ouvre ses portes en janvier 1967. Il n'occupe alors qu'une seule salle d'un ensemble architectural historiquement très riche. Le château est en effet construit sur les ruines des bâtiments religieux du prieuré Sainte-Honorine, fondé en 1080. Il englobe une partie du logis abbatial reconstruit à la fin du XVIème siècle. Transformé au fil des siècles, il devient lieu de villégiature au début du XIXème siècle. La famille Gévelot l'acquiert en 1850, continuant de le remanier et aménageant le parc qui l'entoure. La configuration actuelle du bâtiment, qui mélange les styles néo-renaissance et néo-gothique, est telle que l'a laissée la famille Gévelot en 1931 lorsque la ville acquiert le domaine.

Au fil des années, et de l'accroissement des collections, l'espace muséographique s'est développé dans la partie Est du château et représente aujourd'hui près de 500 m² d'espace d'exposition réparti sur 5 sections et une cour.

En 2005, un ensemble prestigieux fait son apparition dans les murs du musée de la Batellerie : une partie de la collection du Musée national des Travaux Publics. Entreposées dans des caisses depuis la fermeture de ce musée en 1955, les maquettes de la section fluviale ont été restaurées à l’initiative de Voies navigables de France et en partenariat avec la Ville de Conflans. Le musée de la Batellerie a ainsi pu les accueillir et les présente aujourd’hui dans leur état d’origine aux visiteurs.

Aujourd'hui, le musée de la Batellerie de Conflans-Sainte-Honorine est le plus important, consacré à l'histoire de la navigation intérieure et le seul dont la vocation soit nationale. Véritable atout touristique pour la ville, il en est la vitrine incontournable pour qui souhaite visiter et découvrir Conflans.